Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, publié au Journal officiel n° 0177 du 31 juillet 2026 et rectifié au Journal officiel n° 0184 du 8 août 2026, transpose dans les trois versants de la fonction publique les mesures appliquées aux salariés en arrêt pour raisons médicales. Il modifie les décrets du 14 mars 1986 (État), du 30 juillet 1987 (territoriale) et du 19 avril 1988 (hospitalière), ainsi que les décrets relatifs aux agents contractuels des trois versants et aux ouvriers de l'État. Pris après avis du Conseil commun de la fonction publique des 19 juin et 7 juillet 2026 et du Conseil national d'évaluation des normes, il s'applique aux congés débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026 ; la procédure de temps partiel thérapeutique est entrée en vigueur le 1er août 2026 et la visite de reprise est reportée au 1er janvier 2028.
L'arrêt de travail repose sur le formulaire sécurisé de l'assurance maladie et sa durée est plafonnée
Le congé de maladie est accordé sur présentation d'un avis d'arrêt de travail établi selon les modalités des articles L. 162-4-1, R. 321-2 et R. 323-11-1 du code de la sécurité sociale, pour une période qui ne peut excéder la durée fixée par l'article R. 162-1-7-1 du même code, sauf dérogation médicale. Pour la fonction publique territoriale, cette règle figure au nouvel article 15 du décret du 30 juillet 1987. En cas de prolongation, la rémunération n'est maintenue que si la prolongation est prescrite dans le respect de l'article L. 162-4-4, c'est-à-dire en principe par le prescripteur initial ou le médecin traitant. Le congé de longue maladie et le congé de longue durée sont accordés ou renouvelés par périodes de six mois sur un avis médical établi dans les mêmes conditions. Les agents contractuels des trois versants sont soumis au même formulaire par renvoi aux décrets statutaires.
Le contrôle de présence au domicile et le contrôle médical à distance entrent dans le droit de la fonction publique
Le nouvel article 26-1 du décret du 30 juillet 1987, et ses équivalents pour l'État et l'hospitalière, autorisent l'autorité territoriale à faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt par toute personne dûment habilitée. Ce contrôle porte sur la présence de l'agent à son domicile ou à son lieu de repos lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire. L'absence injustifiée ou le refus du contrôle entraîne l'interruption du versement de la rémunération jusqu'à la fin de l'arrêt, le temps d'interruption restant décompté dans la période de congé. Pour les contractuels, le contrôle par le médecin agréé peut intervenir à tout moment, sous la même sanction. L'examen médical peut être réalisé à distance dans les conditions des articles R. 6316-2 à R. 6316-5 du code de la santé publique. Le décret crée aussi des droits : pendant toute interruption dépassant trente jours, le médecin agréé peut saisir le médecin du travail pour préparer la reprise, et l'agent peut suivre une formation ou un bilan de compétences pendant son congé, avec avis favorable du médecin agréé, l'employeur devant répondre dans les trente jours.
Le temps partiel thérapeutique obéit à des délais fermes et tout refus suppose un entretien et une motivation
Le nouvel article 13-2 du décret du 30 juillet 1987 impose à l'autorité territoriale de statuer sur une demande de temps partiel pour raison thérapeutique dans les trente jours de sa réception et, lorsque la demande suit un congé de longue maladie, de longue durée, un congé pour invalidité temporaire imputable au service ou une disponibilité pour raison de santé, au plus tard le jour de la reprise. L'autorisation est accordée dans la limite d'une année, sans périodicité imposée. L'employeur peut faire examiner l'agent par un médecin agréé dès la réception de la demande et à tout moment ensuite ; l'absence injustifiée à cet examen vaut désistement. Le refus initial, le refus de renouvellement et l'interruption sont motivés : lorsqu'ils reposent sur les nécessités du service, ils sont précédés d'un entretien au cours duquel l'agent peut être assisté ; lorsqu'ils reposent sur un motif médical, l'avis préalable du médecin agréé est obligatoire. Les conclusions du médecin agréé peuvent être contestées devant le conseil médical en formation restreinte, et l'autorisation en cours est prolongée jusqu'à l'avis.
Ce que le décret induit pour les directions des ressources humaines des collectivités et des établissements
Les modèles de courriers de prolongation intégreront la vérification du prescripteur, désormais condition du maintien de la rémunération. Le recours à un organisme de contrôle au domicile suppose une habilitation formalisée et une traçabilité des heures de présence obligatoire portées sur l'arrêt. Les décisions relatives au temps partiel thérapeutique doivent être calendées : un silence au-delà de trente jours ou une reprise sans décision expose l'employeur à un contentieux et, le cas échéant, à une indemnisation. Les refus pour nécessités de service exigent un entretien préalable dont le compte rendu figure au dossier. Les conseils médicaux voient leur rôle recentré sur les contestations, le recours au conseil médical supérieur étant supprimé en cas d'avis concordant. Les lignes directrices de gestion et les délégations de signature doivent être mises à jour pour ces décisions, désormais nombreuses et soumises à délai, avant la fin de l'année 2026.
Références : Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, JORF n° 0177 du 31 juillet 2026, texte n° 70, NOR CPPF2613307D ; Rectificatif au décret n° 2026-705, JORF n° 0184 du 8 août 2026, NOR CPPF2613307Z.
